1997年3月8日のダイヤ改正により、久宝寺駅が当時の区間快速の停車駅となったのを機に、1998年に久宝寺駅に新たに待避線が設けられ緩急接続を行うパターンを主体としたダイヤに改められた。それからは前述の普通奈良行が当時の区間快速高田行を待避する場合を除いて柏原で待避する列車は減少したが、2006年3月のダイヤ改正（JR福知山線脱線事故に伴うダイヤの見直し）からは再び柏原駅での待避が増加した。特に王寺・奈良方面行においては久宝寺駅で後続の快速列車と緩急接続した後、わずか3駅先の駅でもう1本後続の快速列車を待つためダイヤに余裕が生まれる反面、柏原駅では最長9分の待ち時間が発生し、柏原駅をまたいで普通列車を利用する客にとってはかなり不便になってしまった。
2008年3月のおおさか東線の開業により、王寺方面行きの普通列車は久宝寺駅で快速列車と緩急接続した後、続いて入線するおおさか東線の列車を待つダイヤが多く組まれるようになったため、おおむね久宝寺駅での停車時間が若干長くなり、柏原駅での停車時間が若干短くなった。
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2009年3月14日のダイヤ改正では、王寺方面行の普通列車は平野駅での待避はなくなっている。これは梅田北ヤード開発にともない梅田貨物駅の機能が、平野駅に近接する百済貨物駅に一部移されるためで、平野駅・百済駅に入線する貨物列車が増える事を見込んだ準備段階といえる。
上記のほか、木津駅 - 奈良駅間では奈良線の全列車と片町線（学研都市線）の2往復の列車が乗り入れており、奈良線には京都駅 - 奈良駅間でみやこ路快速・快速・区間快速が、片町線方面には快速・区間快速が、また大阪環状線と並行する新今宮 - 天王寺間には阪和線・大阪環状線から南紀方面特急や関空快速・紀州路快速・快速などが直通運転されている。